يقع المسجد في شرق مدينة غزة بحي الشجاعية وسط شارع بغداد ، عمر هذا المسجد ما يقارب الـ 529 سنة ويعود تاريخه إلى العهد المملوكية. ولا يعرف نسب اسم السيدة التي نسب إليها اسم المسجد، فيقال: "إنها من أهل اليسار وزوجة لأحد حكام غزة الذين تولوا الحكم في العهد العثماني"، ويقال: إنها رقية بنت أحمد التي وجد قبرها بالإيوان الخارب بجامع علي بن مروان و المؤرخ عام 967هـ". تولى نظارته و أوقافه فخر التجار الحاج سالم حتحت من عام 1170هـ إلى عام 1222هـ، قام خلالها بتعميره وتجديد بنائه، وأضاف إليه دكاكين جارية لوقفه قام بشرائها كما جاء بموجب حجج شرعية. واتخذ أهل غزة من المسجد غرفه، ومعهداً علمياً، وزاوية، ومكتبة قيمة لكنها تعرضت للخراب جراء الحرب العالمية الأولى، وأثناء عملية ترميم المسجد الأخيرة عثر على بلاطة رخامية عليها بعض الكتابات العربية وحولها زخارف نباتية موجودة الآن بالمسجد.
