يقع هذا المسجد في نهاية السوق العمومي من طرفه الجنوبي، وفي الجهة الغربية الجنوبية من ساحة الكراكون، وفي الجهة الغربية من ساحة الجرينة المحاذية للميناء، كما يقع بالقرب منه من جهته الجنوبية-الغربية الحمام الشعبي الذي أقامه أيضا ظاهر العمر. ويرد ذكر هذا المسجد في حديث المؤرخ ابراهيم العورة عن عمار جامع البحر عام 1232 هجري 1816م أيام حاكم عكا سليمان باشا العادل، وذلك في قوله فكان كل ليلة عند عشية يحضر مؤذن من المرتبين في جامع ظاهر العمر في تلك الناحية يؤذن بها ويمتاز هذا الجامع بعلوه عن سطح الأرض.
